为什么CAFs异质性研究需要空间单细胞蛋白组？

很多肿瘤研究都会检测癌症相关成纤维细胞CAFs但真正困难的问题并不是“有没有CAFs”而是“哪一种CAF在什么位置发挥什么作用”。同样表达FAP或α-SMA的细胞出现在肿瘤侵袭前沿、血管周围、TLS附近或神经周围区域可能对应完全不同的微环境意义。PCF80作为基于80抗体Panel的空间单细胞蛋白组旗舰版可以在组织原位把细胞身份、功能状态、空间位置和邻近关系放在一起分析。对于CAFs异质性研究而言空间蛋白组的意义就在于把CAFs从单个标志物判断推进到生态位层面的综合理解。近期《Nature Cancer》在线发表了题为 “Heterogeneity and plasticity of cancer-associated fibroblasts” 的重磅综述指出CAFs的异质性与可塑性是实体瘤微环境研究中的关键问题。文献提到Bulk水平分析会丢失细胞来源信息单细胞测序会缺少空间背景而CAFs的功能往往由所在生态位中的信号和互作关系共同决定。比如肿瘤细胞相邻生态位中的myCAF与ECM重塑、组织硬度和免疫排斥相关肿瘤外周/血管周生态位中的iCAF与炎症信号、血管生成和免疫细胞趋化相关TLS生态位中的apCAF可能参与抗原呈递和适应性免疫激活神经周围生态位则与肿瘤神经侵犯和侵袭性相关。PCF80可以将这些文献提示转化为可执行的空间蛋白组研究方案。研究者可在同一组织切片中同时标记CAFs相关分子、肿瘤细胞标志物、免疫细胞谱系、内皮细胞、ECM成分和功能状态指标再通过细胞分割、表型注释、空间分区和邻域分析观察CAFs是否在特定空间结构中富集。与单细胞测序相比PCF80的重点不是发现所有转录亚群而是验证这些亚群在原位组织中的蛋白表达与空间关系与传统免疫组化相比它能够在一个更高维的Panel中减少“只见局部、不见全局”的问题。因此空间蛋白组特别适合用于几个常见CAFs课题第一评估CAFs亚群在肿瘤核心、侵袭前沿、间质区、血管周和TLS区域的分布差异第二分析CAFs与CD8 T细胞、Treg、巨噬细胞、B细胞、内皮细胞和肿瘤细胞的邻近关系第三比较治疗前后CAFs功能状态和微环境结构改变第四将单细胞测序中发现的CAFs候选亚群通过蛋白标志物在FFPE组织中进行空间验证第五研究不同癌种或不同病理区域中CAF生态位是否具有相似或差异化特征。总结来说CAFs异质性研究需要空间蛋白组是因为CAFs的生物学意义并不只存在于表达谱里也存在于组织结构和细胞邻域里。PCF80通过80抗体Panel把“细胞是谁”“处于何种状态”“位于哪里”“与谁相邻”转化为可量化的原位信息为CAFs研究补充空间蛋白证据。它不能直接证明某一CAF亚群一定导致某种临床结果也不能被包装为治疗手段但可以帮助科研人员更准确地提出机制假设、选择验证区域并构建更接近真实组织环境的CAFs微环境图谱。文献参考Pramod S, Lavon H, Scherz-Shouval R, Sherman MH. Heterogeneity and plasticity of cancer-associated fibroblasts. Nat Cancer. 2026. https://doi.org/10.1038/s43018-026-01146-x