【案例教程】HMSC联合物种分布模型在群落生态学中的贝叶斯统计分析

夯实基础专题1R/Rstudio简介及入门1 R及Rstudio介绍背景、软件及程序包安装、基本设置等2 R语言基本操作包括向量、矩阵、数据框及数据列表等生成和数据提取等3 R语言数据文件读取、整理清洗、结果存储等含tidverse4 R语言基础绘图含ggplot基本绘图、排版、发表质量绘图输出存储专题2群落生态学及数据统计分析概述1 群落生态学发展和研究趋势简介2 群落形成机制及物种装配规则Species Assemble Rules3 群落生态数据类型、特点及准备4 群落生态数据与群落生态学主要科学问题关联专题3联合物种分布模型Hmsc及群落数据贝叶斯统计1 联合物种分布模型Hmsc贝叶斯统计简介2 联合物种分布模型Hmsc参数估计MCMC3 联合物种分布模型Hmsc参数及对应群落生态假说专题4单物种物种水平/单变量Hmsc贝叶斯统计1Hmsc程序包基本语法、参数选择、固定效应和随机效应设置、模型诊断等2Hmsc单变量贝叶斯估计VS 单变量brms包贝叶斯估计异同3Hmsc物种属性数据单变量贝叶斯估计案例4Hmsc物种有无01数据单变量贝叶斯估计案例5Hmsc计数数据多度单变量贝叶斯估计案例泊松分布、过度离散、零膨胀等6Hmsc混合效应模型固定效应混合效应空间自相关专题5多物种群落水平Hmsc贝叶斯统计模型1Hmsc多物种群落水平贝叶斯统计模型构建介绍2Hmsc低维多物种联合分布模型构建(1)模型构建、物种分布设置(2)解释变量引入环境筛(3)物种关联关系确定生物筛(4)模型诊断及性能评估3Hmsc高维多物种联合分布模型构建(1)模型构建、物种分布设置(2)物种性状、系统发育信息及环境变量引入(3)模型诊断及性能评估(4)模型调整先验分布、解释变量等、拟合和重评估(5)结果展示包括参数热图、种间关联、变差分解Variation Partitioning及排序潜变量等专题6Hmsc包群落生态数据分析高阶应用经典案例1Hmsc包开展群落数据联合物种分布模型分析通用流程Pipelines2Hmsc分析物种属性与环境关系案例3Hmsc分析响应变量为不同分布类型案例4Hmsc空间数据分析案例5Hmsc时间数据分析案例6Hmsc模型中环境变量、物种属性、系统发育、数据分层设置综合案例