核心功能酶与代谢生物数据资源

摘要BRENDA数据库是运营近40年、数据最为全面的酶与配体综合数据库。2021年以来该数据库完成多项重大升级进一步巩固了其作为欧洲生命科学数据基础设施ELIXIR核心数据资源、全球生命科学核心生物数据资源的地位。2023年起BRENDA正式并入德国国家菌种保藏中心DSMZ数字多样性联盟上线知识图谱原型并对外开放 SPARQL 查询接口遵循「可发现、可访问、可互操作、可重用FAIR」原则实现语义检索、数据整合与数据复用。目前数据库收录约580万条数据涵盖来自15,335个物种的112,288种酶、173,164篇文献以及278,840种配体。本次更新人工注释约1,600篇文献新增615个酶学委员会EC编号其中480个完成精细化数据整理并修订4,422个酶分类。数据库收录的代谢通路图谱扩充至195张同步上线交互式通路汇总页面以结构化、易读形式展示核心数据。此外BRENDA整合了DSMZCellDive细胞系数据实现酶分类与高表达人细胞系的可视化关联新增以基因为核心的检索界面简化酶相关数据的查询流程。以上升级大幅提升了数据库的互操作性与数据分析能力进一步强化了其与SILVA、BacDive、LPSN等主流生物信息学数据库的联动。https://www.brenda-enzymes.org/https://hub.dsmz.deboyke.bunkdsmz.de#酶学委员会 #源内配体 #知识图谱 #SPARQL #代谢通路 #人细胞系 #基因检索 #生物信息学数据库BRENDA数据现状与新增内容表1各版本数据库核心数据字段条目统计统计3个版本2020.2、2024.1、2025.1中各类数据的条目数量及增量统计范围包含酶蛋白、来源物种、动力学数据及对应参考文献。「酶」条目包含已测定完整序列的蛋白以及已分离但未完成测序的蛋白。全新功能与主要升级BRENDA知识图谱图1 BRENDA SPARQL接口查询示例该示例展示在BRENDA SPARQL接口中执行的查询语句可检索酶学委员会编号、反应数据以及以国际化学标识符InChI表示的化合物结构信息。查询结果列出了辅酶A丁烯酸、辅酶A乙烯乙酸等化合物并标注其在生化反应中属于底物或产物同时关联对应反应编号与EC编号。高表达人细胞系模块图2 EC 2.7.10.2对应酶的高表达人细胞系酶学编号EC 2.7.10.2对应基因在各个人细胞系中的表达水平图表按肿瘤类型对细胞系进行颜色区分每个细胞条目均附带DSMZ数据库链接、细胞系编号关联的基因同时跳转至BRENDA、CellDive、UniProt等数据库。https:// brenda-enzymes.org/ enzyme.php?ecno2.7.10.2#CELLLINES代谢通路汇总页面图3Entner–Doudoroff代谢通路汇总页面化合物板块Entner–Doudoroff代谢通路汇总页面的化合物展示界面页面分为通路总览、酶、化合物、通路关联多个标签页。本图展示化合物板块列出通路内所有代谢物、分子结构、分子式、国际化学标识符InChI及InChIKey所有数据支持下载。未来规划基于使用数据、用户反馈与文献引用的分析图4 BRENDA各功能页面访问量分布BRENDA全站各页面的访问占比统计其中全局搜索页面占比43.7%、酶汇总页面占比28.3%酶分类概览、文献汇总页面访问量次之序列页面、配体页面、代谢通路等专业页面访问量相对较低。详细总结思维导图核心数据增量参考Nucleic Acids Res. 2026 Jan 6;54(D1):D527-D534. doi: 10.1093/nar/gkaf1113.BRENDA in 2026: a Global Core Biodata Resource for functional enzyme and metabolic data within the DSMZ Digital Diversity260106BRENDA.pdf注AI辅助创作如有不当欢迎指出。内容仅供参考不构成任何建议。